平成5年ヤマハXJR400が発売され、翌年の平成6年にはホイール色と外装色が同色、リアサスにオーリンズを標準装備としたXJR400S（黒と白のみ）が発売されました。XJR400Sは非常にレアなタイプとなったため買取価格はスタンダードと比較すると若干高めにあります。
さらに翌年の平成7年にはXJR400Rが発売され、このモデルからフロントキャリパーがブレンボになっているので買取価格も一段と高くなっています。
平成8年に発売されたXJR400R2は、ビキニカウルやデジタルメーター黒メッキマフラーなどが搭載された特殊なスタイルであり、当時はあまり出回らなかったため、現在では希少価値の高いモデルとなっており、まれに美車が出てくると高値が付くこともあります。
平成10年にはモデルチェンジが行われ、XJR400R-2として生まれ変わりました。このモデルから買取価格は飛躍して高くなります。
平成13年のモデルチェンジでXJR400R-3となり、各部がかなり熟成し、平成20年にわたるまでの当モデルは非常に高値を付けています。年式の差よりもバイクの程度で買取金額に大きな差が出ることも多いです。
※2021年6月買取相場更新※
買取実績①
車種名：XJR400R-3
車台番号：RH02J-007
型式：BC-RH02J
年式：2009年
車体色：青
走行距離：2000㎞
程度：極上
カスタム：ノーマル
買取相場：45万円～58万円
買取実績②
車種名：XJR400R-2
車台番号：4HM-12
型式：4HM
年式：2000年
車体色：銀
走行距離：9400㎞
程度：小キズ程度
カスタム：ライトカスタム
買取相場：24万円～31万円
買取実績③
車種名：XJR400R-3
車台番号：RH02J-004
型式：BC-RH02J
年式：2004年
車体色：黒青
走行距離：28000㎞
程度：小キズ多数
カスタム：ノーマル
買取相場：18万円～29万円
買取実績④
車種名：XJR400R
車台番号：4HM-110
型式：4HM
年式：1998年
車体色：銀
走行距離：16300㎞
程度：キズ多数
カスタム：ライトカスタム
買取相場：15万円～21万円
買取実績⑤
車種名：XJR400
車台番号：4HM-003
型式：4HM
年式：1993年
車体色：紺
走行距離：42800㎞
程度：キズ多数
カスタム：ライトカスタム
買取相場：11万円～16万円